1996年8月5日に神奈川県相模原市で誕生。兄弟は兄が1人います。

両親に勧められ3歳の時に体操を始めた村上茉愛は、小学時代から池谷幸雄が主宰する池谷幸雄体操倶楽部に所属し、数々のジュニア競技会に出場しました。

小学校6年生の時に初めてシリバスに成功します。シリバスを目標に練習をしていたわけではなく、月面宙返りの練習をしている時に、たまたま多くひねりすぎたところ、コーチから「それシリバスだぞ」と言われたそうです。

中学時代も小学校時代から所属している「池谷幸雄体操倶楽部」で練習に励んでいました。

2010年度第41回全国中学校体操競技大会個人総合で名古屋経済大学市邨中学校の寺本明日香を抑えて優勝し、種目別は床運動と平均台の2種目で優勝しました。

2010年、中学2年生の時に「第64回全日本体操競技選手権大会女子種目別決勝」の床運動で、当時女子体操競技界でエースだった日本体育大学の田中理恵とOSTC大泉スワロー体育クラブの笹田夏実を抑えて優勝する快挙を成し遂げました。

同校は、部活動が盛んで、特にバレーボール部と体操部の強豪校として知られています。

高校1年生の時、2012年の第66回全日本体操競技団体・種目別選手権大会の床運動で、2度目の優勝を飾りました。

村上茉愛は、シリバスなど難度Hの技をこなす数少ない選手としても知られ、2013年世界体操競技選手権（世界選手権）の代表に選出され、種目別女子床運動で4位入賞を果たしました。

高校3年生になると、成長により体重が増加し、スランプに陥ってしまいます。そのため、やる気が失われ、メダルを取りたいという欲もなくなっていたそうです。